孔氏南宗家庙位于衢州市区新桥街中段北侧，占地面积14000平方米，建筑面积7490平方米。家庙东轴线、中轴线建於清道光年间，后经修缮；市政府出资1600万元于1998年11月开始复建的家庙西轴线与孔府、孔园，2000年5月竣工，2000年7月1日正式对外开放。
一、家庙主要建筑：
东轴线：正门、恩官祠、启圣祠、圣泽楼。
中轴线：正门(孔氏南宗家庙)、大成门、东西两庑、大成殿。
西轴线：正门(孔府先宗)、五支祠、袭封祠、六代公爵祠、思鲁阁。
孔府：照壁、正门(东南阙里)、大堂、花厅、内宅，西侧为长廊及临街厢房。
孔园：以大中堂为中心的园林，其间有亭、台、阁、榭、假山、回廊和池塘。
二、沿革：自南宋建衢州孔氏家庙至建国前夕，一直由孔子世代嫡长孙掌管“衍圣公府”、“博士署”和“奉礼官府”。解放后由政府委托文化部门管理。1999年，市政府直属机构孔氏南宗家庙管理委员会全权管理家庙及孔府事宜。
三、历史上的孔氏南宗家庙及孔氏南宗府：建炎三年(1129年)，孔子四十八世嫡长孙、衍圣公孔端友扈跸南渡。建炎中，宋高宗下诏“权以州学为庙”。至宋理宗宝祐元年(1253年)仲夏，北归无望，衍圣公孔洙及衢州郡守孙子秀奏请新建家庙，朝廷拨款三十六万缗，建家庙於城东北菱湖之上，建筑规模达二百余楹，规制与曲阜家庙同。次年仲春落成。宋末元初，家庙毁於兵，迁於城南。但“其制非宝祐之旧”。
至元十九年(1283年)，经廷议，认定孔氏南宗为孔圣人之宗子，元始祖乃召孔子五十三世嫡长孙、衍圣公孔洙赴京，令其载爵返曲阜奉祀祖庙奉祀；孔洙以庙墓在衢为由，让爵於曲阜，元始祖赞其“宁为荣而不违道，真圣人后也”，改任其国子监祭酒归守江南庙祀。从此，孔氏大宗失爵。
明弘治十八年(1505年)，衢州知府沈杰向明孝宗朱祐樘上疏，称：“衢州圣庙，自孔洙让爵之后，衣冠礼仪，猥同氓庶。今访得洙六世孙孔彦绳，请授于官，俾主祭事。”次年，即正德元年(1506年)，接位的武宗朱厚照秉承先皇旨意，封孔彦绳为翰林院五经博士，子孙世袭。这样，衢州孔氏大宗在失去爵位224年之后，又得到了封号。1935年，国民政府废去一切封建爵位，分别改任孔子七十三世嫡长孙孔繁豪为和孔子七十七世孙孔德成为南宗、北宗“大成至圣先师奉祀官”。
关于孔氏南宗，孔德成先生1937年在《孔子世家谱序》中写道：“……鲁之宗亲，仅四十三代祖温如公以藐孤存焉，是为孔氏中兴祖。后五传而至端友公，以从宋南渡家於衢，是谓南宗。”
自清之后，孔氏南宗家庙再未易址。但顺治、康熙、雍正、乾隆、道光、同治、光绪历朝累有修葺，其中以道光元年的修建规模最大，主要工程有：移思鲁阁於大成殿西北隅、大成殿殿基增高五尺、楹柱易木为石、崇圣祠(即启圣祠)以下皆拓而新之。整个工程历时近一年半，耗资万余金，家庙为之一新。
抗战时期，日军二次占领衢州，乐器、礼器被掳略一空。1947年，国民政府曾拨款维修。1960年衢县县政府曾拨款维修。1984年，衢州市政府拨款对家庙的主体建筑进行维修。1988年，衢州市政府再次拨款对家庙进行维修，并复建圣泽楼和修葺思鲁阁。1989年12月12日，浙江省人民政府公布孔氏南宗家庙为省级文保单位。1996年11月20日，国务院批准孔氏南宗家庙为全国重点文物保护单位。2000年5月，衢州市人民政府主持复建的家庙西轴线与孔府竣工。
四、主要文物遗存：子贡手摹孔子夫妇楷木像、吴道子画孔子佩剑像、石碑等。
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