慈云禅寺创建于宋咸淳(公元1265-1274年)年间。明正统中(1436-1449年)重建,旧名广济寺。明顺年间(1457-1464年)赐今额。中有浮屠五级,相传三国赤乌13年(250年)初建,明万历五年(1577年)寺与塔均重建。自明万历至汪康熙、乾隆、道光历朝多次增建殿宇堂轩,成为吴江市(区)内规模较大的佛教寺院,历代高僧辈出,明有道泽、慈林,清有净眼、超伟法师及断手誓修天王殿的化主天衣僧。古刹名寺历来文人游踪不绝,留下诗篇甚多。清金圣叹留别诗:“震泽多精舍,慈云师子林。家私唯古佛,眷属总玄心。后汉人何在?微言乃至今,相逢随欲别,舍此更何寻?”
清咸丰十年(1860年)寺毁于兵燹,唯塔独存。民国十三年(1924年)信女徐毕氏捐银八千,重建大殿三楹。十七年又修慈云塔,为震泽八景之一“慈云夕照”。塔左有纪念大禹治水的拱形石桥,与塔互成呼应,构成水乡古镇特有的自然景观。慈云寺塔为江苏省文物保护单位。慈云禅寺于60年代末,佛地蚕蚀经受历史风云,毁寺扩厂,面目全非。
经吴江市(区)人民政府批准,同意恢复慈云禅寺,旨在恢复佛教寺院,弘扬宗教文化,完美名胜古迹。仰望各界人士,同心协力热情赞助。