有着近2600年建城史的江苏省省会南京，自古以来就是人文荟萃之地，历史上的十个朝代在此建都，让这座依山傍水的历史名城独具魅力。南京境内人文积淀丰厚，历史古迹众多，佛教文化更是举世闻名，拥有多座在历史上极具影响力的千年古寺，毗卢寺就是其中一座。
说到南京的寺庙，很多人最先想到的是“中国四大名刹”之一的栖霞寺和“南朝第一寺”鸡鸣寺，这两座香火鼎盛的寺院，也是外地游客来南京必参观的景点。而对于本地人来说，尤其是在老南京人心中，坐落在汉府街4号的毗卢寺，地位要高于前面两座寺院。
据记载，毗卢寺始建于明嘉靖年间（1522-1566年），因寺中供奉毗卢遮那佛，初名毗卢庵。“毗卢遮那”的梵文意思是太阳，译成汉语称“大日如来”，是佛教密宗尊奉的最高神明。值得一提的是，有学者在编纂《南京宗教史》时发现，毗卢寺始建于南朝，是“南朝四百八十寺”之一，距今已有1500年的历史。
清朝乾隆年间，乾隆皇帝效法祖父康熙皇帝六下江南，在首次下江南到达南京的第一晚，就以香客的身份在毗卢庵下榻。当晚，乾隆拜访了年已百岁的方丈法空长老，并与法空彻夜谈禅说法。据说这位法空长老是乾隆童年时的伴驾四品武官护卫，后来成为江南著名高僧。
乾隆皇帝在毗卢寺住了三天，在此期间微服私访了夫子庙，还亲自指挥缉拿了白莲教首领“一枝花”，之后才辞出寺院，正式接受文武百官的盛大恭迎，揭开了六下江南的序幕。此后的百余年间，毗卢庵一直香火鼎盛，然而到了太平天国时期，南京栖霞山成为太平军和清军的主要交战地，寺院也毁于战火。
清朝同治年间，曾国藩的弟弟、晚清名将曾国荃游览南岳衡山时，对海峰法师说：“如我督两江，为你造庵”。结果戏言成真，曾国荃后来真的升任两江总督。清光绪十年(1884年），曾国荃在距离两江总督府不远的毗卢庵原址扩建了大雄宝殿、万佛楼和藏经楼等殿宇，改“庵”为“寺”，请海峰法师担任毗卢寺的第一任方丈。
重建后的毗卢寺东至明故宫、西至总统府、北至珠江路、南至长江路，一跃成为当时的南京第一大寺。寺内的核心建筑——万佛楼，是我国最大的汉传佛教仿明清单体古建筑，楼上收藏的《乾隆大藏经》，为清刻版乾隆大正藏，全套共168本，全世界仅有40套，堪称珍贵的国宝。
民国二十年(1931年)，中国佛教协会会址从上海迁至南京毗卢寺，在此期间，中华佛学研究会和中国中医院也在毗卢寺成立。至此，毗卢寺成为中国佛教研究和中国中医学研究的中心，被誉为中国佛教从传统走向现代的标志性道场，这也奠定了南京的“佛都”身份。
毗卢寺还是南京百姓口口相传的祈福许愿圣地，每天都吸引着四面八方的善男信女前来游览祈福，尤其是想要求得事业顺利的人，都会前来诚心叩拜。此外，每年腊八节都有不少老南京人会到毗卢寺喝一碗腊八粥，这也成为了一种习俗。
现在的毗卢寺，规模虽不可与以往同日而语，寺院内却别有洞天。百年前曾国荃亲手种植的两棵银杏树硕果累累，大雄宝殿内从南岳衡山运来的香木依然幽香袭人，万佛楼前高8.8米的“观自在”石佛壮观肃穆，伴随着晨钟暮鼓和袅袅梵音，毗卢寺在一代代游人香客的祈愿中延续着千年前的光辉。