出生在强大国家和尊贵皇族中的拓跋珪本应该有着幸福的生活，然而命运偏偏作弄了他。
刘库仁被杀后，其弟刘眷成为独孤部首领；两年后，刘库仁的儿子刘显除掉刘眷并取而代之。刘显凭借着独孤部的强大实力，有统一代北的打算。拓跋珪为代国国主的后代，刘显担心他的威望会高出自己，遂想除掉他。
商人王霸知道刘显的意图后，没有办法私下接近拓跋，于是在人多的时候踩了他的脚。
贺讷见外甥拓跋珪来投降，非常惊喜。他对拓跋珪说：“复国之后，当念老臣！”拓跋珪回答他说，如果真有那么一天，一定不会忘了他的大恩大德。随后，拓跋珪便在贺兰部安住了下来。
拓跋珪即位后，依照汉人建国后建元的习俗，建元登国。拓跋珪虽为一国之王，但并不能掌控一国之权。当时，宗族八姓中的其他七个部族都握有一部分权力，共同参与国事管理。因此，拓跋珪在行使权力时必须征求他们的意见。建国后，代国体制仍然采用拓跋什翼犍时期的体制，四部大人和南北部大人位高权重。其中，四部大人负责联盟日常事务，南部大人长孙嵩和北部大人叔孙普洛负责管理前来投靠的外族人。
以战养国扩充势力
拓跋窟咄的出现，在联盟内部引起骚动，一些部族首领暗通拓跋窟咄，欲立其为王。拓跋珪处变不惊，立即诛杀了欲叛乱的主谋。平息内乱后，拓跋珪准备对付独孤部。为避免与独孤珪珪部直接交锋，他带领联盟部族绕道而行，在贺兰部落脚。同时，他派人前往后燕求援。
西燕主慕容永原是前燕王的部属，本与后燕主慕容垂没有冤仇，但自称西燕主后便要与后燕分道扬镳，并下令诛杀仍居住在长治的慕容垂宗室，从而与慕容垂结下仇怨。慕容垂一方面鉴于和拓跋部的婚姻关系，一方面鉴于拓跋窟咄依附的是自己的仇人，从而心甘情愿地援助拓跋。珪在后燕的援助下，拓跋煖在高柳（今山西阳高）大败拓跋窟咄，拓跋窟咄在逃亡过程中被刘卫辰所杀。在这期间，贺染干与拓跋窟咄相勾结，乘拓跋珪率兵攻打拓跋窟咄时袭击魏国，魏国国内包括北部大人叔孙普洛在内的十三人临危变节，归附刘卫辰。拓跋珪将拓跋窟咄的残部收复后回师，令代人库狄干接任北部大人一职。
至此，拓跋珪既解除了王位的威胁，又解除了魏国受到的威胁。同时，在击败拓跋窟咄和珪刘显的过程中，拓跋珪不仅扩展了魏国的疆土，增强了魏国的实力，而且通过战争增强了他手中掌握的权利。
起初，柔然部人世代依附代国。秦王苻坚灭代后，柔然部依附于刘卫辰。等到拓跋珪建立魏国后，原代国各部先后前来依附，唯有柔然部不从。登国六年（391年）十月，拓跋珪引兵攻打柔然部。柔然部只得逃走，拓跋珪一直尾随六百里。诸将认为柔然部已经远去，军中已无粮食，不愿意再追下去。拓跋珪向诸将问道：“若杀副马，为三日食，足乎？”诸将都回答说“足”。于是，拓跋珪下令日夜兼程，在不到三日之内追上了柔然部，虏获了半部人马，并令部将继续追击。随后他对佐将说：“卿曹知吾前问三日意乎？”皆说不知。拓跋珪解释道：“柔然驱畜产奔走数日，至水必留；我以轻骑追之，计期道里，不过三日及之矣。”最后，除了柔然部数位将领投奔了刘卫辰外，其他人皆被拓跋珪收复。
数日后，刘卫辰派遣其子直力鞮率兵数万攻打魏国南部。十一月，拓跋珪仅引兵数千人迎击，结果大败直力鞮。随后，拓跋珪乘胜追击，一直攻打到刘卫辰的居所。刘卫辰兵败后在逃亡中被部众所杀。十二月，拓跋珪诛杀了刘卫辰宗党五千多人，将尸体皆投入河中。自此，黄河以南的各部都归附了魏国。魏国获得马匹三十余万，牛羊四百余万，国用自此丰足。
在拓跋珪锐意扩张的同时，后燕也在积蓄力量。登国九年（394年），后燕灭掉了前燕，实力得到增强。同年，前秦灭亡。此时，北方存在的国家有后燕、后秦、西秦、后凉和魏国。其中魏国和后燕相近，拓跋珪决定先灭掉后燕。
登国十一年（396年）三月，病情好转的燕主慕容垂亲率大军讨伐魏国，初战告捷。然而好景不长，慕容垂见到前场战争中后燕将士堆积如山的尸骸后因惭愧忧愤而吐血，自此旧病复发，后燕军专攻为守。四月，慕容垂在返国途中病逝，太子慕容宝班师而还。慕容珪见后燕实力如此雄厚，暂且放弃了消灭后燕的计划。同年，拓跋珪改元皇始。
不善守成中年被杀
皇始三年（398年）六月，魏王拓跋煖命群臣商议国号。群臣都说：“周、秦以前，皆自诸候升为天子，因以其国为天下号。汉氏以来，皆无尺土之资。我国家百世相承，开基代北，遂抚有方夏，今宜以代为号。”黄门侍郎崔宏则说：“昔商人不常厥居，故两称殷、商；代虽旧邦，其命惟新，登国之妆，已更曰魏。夫魏者，大名，神州之上国民，宜称魏如故。”此后，魏王拓跋珪迁都平城（今山西大同），开始仿照东晋修筑宫室，并建宗庙、立社稷。
天赐六年（409年），拓跋珪谴责贺夫人后将她囚禁，并要杀她。贺夫人派人向拓跋绍求救。当时拓跋绍已经有十六岁，与帐下及宦者、宫人等通谋后越墙入宫。当时，拓跋珪左右呼到有贼，拓跋珪被惊起后不待拿到弓刀就被拓跋绍弑杀。
