杨过最后带着小龙女去了岘山无名荒谷隐居，后在独孤求败的山洞中得到“独孤九剑”秘笈，十年间双双领悟最后一式“破气式”，带着神雕破空而去。
独孤求败
第三次华山论剑后，杨过和小龙女带着神雕浪迹江湖，走遍大好河山。三年后，杨过见小龙女已有倦意，便提议回古墓隐居，再不过问江湖之事。小龙女闻言先是一喜，复又发出一声叹息，说古墓早已不是清净之地，何况还要和那些牛鼻子做邻居。这时神雕拍了拍翅膀，啼鸣数下，把头转向襄阳方向。杨过笑道，姑姑，雕兄想让我们去它家住，那一处山谷甚是隐秘，绝无人知，你看如何？小龙女听到“绝无人知”四个字，便已露出微笑，重重点了点头。
数十日后，二人一雕来到襄阳岘山的无名山谷，进了独孤求败住过的山洞。杨过见洞内一切如昨，只是有些潮湿，特别是那处石堆，更是水迹斑斑。他抬头一看，原来是有些水渗过了洞顶，想是山上的积水经年累月冲刷，水滴石穿。杨过心想，这处渗水虽不影响他们居住，但独孤前辈的墓穴很是简陋，长久之下，难免会损害到他的尸骨，于是便和小龙女商议，要将他的坟墓迁到干燥之处。
杨过在山洞深处找了一块干燥之地，用重剑掘了一个十余尺的深坑，然后在石堆前拜了三拜，陈明原由，便和小龙女开始动手掘墓。那石堆并不大，坑深也不过三尺有余。不到一炷香的功夫，杨龙二人已把石头全部移开，露出坑底。奇怪的是，坑中并无一块人类的骸骨，只有一个尺许见方的石匣。杨过激动地打开石匣，只见其中放着一本包裹了数层油纸的物事。他小心翼翼的剥开油纸，一本发黄的书册出现在眼前，封面上是四个行楷大字：独孤九剑。
此时天色已暮，杨过和小龙女来到洞口，借着天光，仔细翻阅这本书册。起初三页，叙述了独孤求败创出“独孤九剑”的过程。原来，独孤求败无敌于天下，幽居荒谷，十数年后，自感大限就在三年之内。他不忍自己一身剑法从此埋没，于是便想将自己剑法中的精华，著成一本秘笈。一开始，他很快创出了“总决式”、“破剑式”、“破鞭式”、“破索式”、“破箭式”、“破枪式”、“破刀式”、“破掌式”共八式，几乎已可破尽天下一切武功。但他思来想去，总觉得还差了一式，未竟全功。
于是，独孤求败在谷中反复演试所创的八式，试图从中推演出第九式。他沉浸其中，不知过了多少岁月。终于有一次，独孤求败八式施展完毕，手中的木剑早已不堪使用，化为碎末飘散于风中。木剑虽毁，但独孤求败仍做持剑之态，因为他的手中已多了一柄无形气剑。独孤求败微微一笑，他终于领悟出了第九式，以气为剑，以剑破气。这一式，也就被叫作“破气式”。
独孤求败悟出“破气式”时，荒谷上空本是黑乌云四合，暴雨将至。但他最后一剑直冲天际，竟将漫天乌云驱得干干净净，恢复如洗碧空。“九”为数之极，独孤求败既然创出了“破气式”，一套无敌剑法终于臻至完美无缺。这套剑法，就被命名为“独孤九剑”。
大功告成，独孤求败不禁仰天长啸，引得山鸣谷应，久久不绝。这时，他才想起自己本已只剩下三年好活，可如今已不知多少年过去，反而愈发神完气足，丝毫没有了寿数将尽之感。他问身旁的神雕，神雕扑闪了九下翅膀，意思是距他开始创制“独孤九剑”，已足足过去了九年时间。
此后，独孤求败每日便在谷中修炼“独孤九剑”，力求不留一丝瑕疵。匆匆又是数年过去，一日，独孤求败施展“破气式”，兴之所至，随意挥洒，剑气纵横天地之间，竟将附近的虚空割得支离破碎。在一闪而过的光影碎片中，独孤求败发现了一个灵气充沛的天地，处处流露出宁静祥和的气息。
本来，独孤求败一生追求剑道，如今已无敌于天下，世间没有什么可留恋之处，已打算在这荒谷终老，可如今竟让他发现了一处新的天地，充满了未知，说不定也有和他一样寂寞的剑客。念及于此，独孤求败便将已臻至完美的“独孤九剑”著称一书，并把自己悟剑的经历和发现的新世界的秘密写于其中，然后装入了一个石匣里，静待有缘人来发现。最后，独孤求败告别神雕，一剑破开虚空而去。
独孤九剑
神雕见独孤求败消失，不胜伤感，它十分珍惜独孤求败留下的石匣，怕在洞中被人盗走或损坏，便用利爪掘了一个坑，将石匣放入，又找了许多石头覆于其上。后来，杨过帮助时神雕杀死毒蟒，它非常感激，所以引领他增强内力，修炼重剑法。但神雕毕竟不是人类，不知道石匣中装的是天下第一等厉害的剑法秘笈，否则的话，杨过也不会到了现在，才在机缘巧合之下发现这“独孤九剑”了。
杨过和小龙女看完这段故事，双双陷入了沉默，连后面的剑法都没再看一眼。直到明月东升，杨过才握住了小龙女的手，涩声说道，姑姑，你想不想和过儿练这“独孤九剑”，然后去那个新的世界生活？小龙女说，过儿，你我在这个世上都受了太多的苦，你还没了一条手臂。独孤前辈说那个世界灵气充沛，说不定是神仙所在的仙界，在里面可以找到帮你长出手臂的方法。只要你想去，姑姑必定会陪你一起。
第二日，杨过和小龙女便开始修炼那“独孤九剑”。当时独孤求败创剑时，神雕也陪在他的身旁，耳濡目染之下，也学得了其中几分剑意。后来它帮杨过修炼重剑法时，杨过也将这几分剑意，融入了自己的重剑之中。因此两人初学时，杨过的进境略略超过了小龙女。不过，小龙女悟性之高，和杨过不相上下，心思之纯甚至犹有过之，因此很快追上了杨过的进境。到了后来，两人已是齐头并进。
杨过此时已是世间绝顶高手，小龙女和杨过也是仅差一线。是以两人修成“独孤九剑”前八式，只不过用了短短三日。到了最难的“破气式”时，杨过认为需要极为浑厚的内力作为支撑，便提议和小龙女再炼“玉女心经”，增长内力。此时两人已是夫妻，自然不再忌讳裸裎相对。当然，其中又自有无数旖旎风光，不足与外人道也。
如此，杨龙二人日日练功不辍，功力日增。三年后，他们已能随手发出无形剑气，只是威力不足以破开虚空。又过了七年，两人终于如独孤求败一般，将虚空割得支离破碎，也看到了那个新世界的光影。此时，他们知道，离开这个世界的时刻到了。只是离开之前，还有一些尘缘，需要割舍。
破碎虚空
杨过和小龙女先来是来到嘉兴铁枪庙外，拜祭杨康和穆念慈。杨过告诉父母，自己和妻子即将前去一个另一个世界，日后会让杨家在异世开枝散叶，繁衍香火。
返回途中，杨过和小龙女收养了一名十一岁的小男孩，并为他起名为杨龙。此后两年间，杨过和小龙女将平生所学倾囊相授，并让杨龙长居活死人墓，为古墓一派留下传承。六十年后，杨龙的后人黄衫女现身江湖，谈笑间解决了丐帮的问题，后来还以奇快的身法从周芷若的“九阴白骨爪”手下救出“金毛狮王”谢逊。
接着，杨过托人将玄铁重剑、君子剑和淑女剑送到襄阳。襄阳城破前夕，郭靖、黄蓉将这三把剑回炉重造，铸成了倚天剑和屠龙刀两柄利器。并分别把“九阴真经”和“武穆遗书”的线索藏于其中，以期后来有志之士，继续凭此反抗蒙元。
最后，杨过担心“独孤九剑”秘笈无法久存，于是将“独孤九剑”秘笈，全部刻在了山洞石壁之上。二百年后，一位叫风清扬的少年经过这里，偶然间得了“独孤九剑”的传承，使其在江湖中大放异彩。
尘世一切事了，杨过和小龙女来到岘山山巅。此时正值旭日初生，紫气东来。杨过和小龙女相视一笑，双手齐齐向前挥出，发出一股磅礴无比的剑气，将面前的虚空撕开了一个可容两人通过的口子。下一刻，杨过和小龙女信步而入。
神雕看着杨过和小龙女消失，眼前的虚空之口也在慢慢缩小，不禁发出几声哀鸣，便欲离去。冷不防那个口子中忽然伸出一只胳膊，一把攥住了神雕的脖子，不由分说地将它拉了进去。
片刻过后，虚空中的口子就消失得无影无踪，就像从未出现过一般。
