《鬼吹灯》分为上下两部，各有四册。上部四册是《精绝古城》、《龙岭迷窟》、《云南虫谷》、《昆仑神宫》，这是一个完整的故事，一切以寻找凤凰胆破除鬼洞诅咒为中心，《昆仑神宫》卷已经成功破除千年诅咒。下部四册是《黄皮子坟》、《南海归墟》、《怒睛湘西》、《巫峡棺山》，这又属于一个系列故事，是破除诅咒之后的一些故事，大多是以回忆形式对前四部的故事的线索进行了一些补充，并另行开展了一个故事。
故事发展的主线凤凰胆和龙骨天书解析
凤凰胆和龙骨天书是两种完全不同的物件，只有真正的凤凰胆才是破除鬼洞诅咒的关键。
经过无数岁月，欧洲大陆一批人迁徙到扎格拉玛山，这就是扎格拉玛部落。扎格拉玛部落人与世无争地生活了很多年，但发现山腹中的鬼洞后，他们妄想窥探鬼洞真相，按听说过的凤凰胆仿造了一只玉石眼球查探鬼洞。正是因为此举，扎格拉玛部落染上了鬼洞诅咒，被打上了眼球标记，为了生存他们不得不离开家园迁徙到东方。
凤凰胆自魔国灭亡后，一直流落在中原。商朝时期，商王武丁在一座崩塌的山峰中发现了凤凰胆，命名为雮尘珠，并且铸鼎纪念。商朝末，周文王得到了凤凰胆，利用他神奇的占卜能力测出此物与长生有关，并且在龟骨上记录了下来，这就是另一个重要物件——龙骨天书。此后，凤凰胆一直被各王朝收藏，但因战乱不断流落到了云南的古滇国献王的手上。汉武帝时期，勒令滇王进献异宝凤凰胆，献王不愿意献出凤凰胆，和滇王闹翻，带人离开了滇国，另行建立了一个小国。滇王没办法，进献给汉武帝一枚假的凤凰胆“影珠”，汉武帝去世后这枚“影珠”随他陪葬茂陵了。真正的凤凰胆一直在献王手里，他死后随着埋在了献王墓，并且无比痴迷凤凰胆的献王死后还把它含在了嘴里。茂陵被盗后，假的凤凰胆“影珠”流落世间，但真的凤凰胆却一直在云南献王墓没动过地方。
几千年来，扎格拉玛族备受诅咒折磨，一直在寻求破除诅咒。宋朝时期，这一族终于发现了商王记录凤凰胆信息的青铜鼎，从此开始在各地寻找凤凰胆，形成了搬山道人一脉。
至此，凤凰胆和龙骨天书的事告了一段落，直到新的摸金三人组出现。
前四部故事解析
一切都指向了正确的地点——献王墓，而真正的凤凰胆从来就在献王墓。《云南虫谷》就是摸金三人组前往献王墓寻找凤凰胆的故事，历经万千磨难老胡砍下了献王的头颅，那颗搬山道人世代寻找的珠子终于被得到了。事情并没有结束，找到凤凰胆不等于破除诅咒，献王墓中的西藏密宗的观湖景把新的线索指到了藏地。
通过凤凰胆的分析，破除诅咒的最终之地就是在藏地。摸金三人组为了破除诅咒不得不踏向藏地，只不过这次还有明叔一家。在魔国恶罗海城的祭坛，胡八一把雮尘珠和水晶尸眼球一起扔进了祭坛水池，这等于切断了与鬼洞所在的虚数空间的通道，终于解除了诅咒。
后四部故事解析
《南海归墟》是一场深海的冒险之旅，发生在风暴不断的南海珊瑚螺旋。老胡本来打算洗手不干，但陈教授让他们前去南海打捞秦王照骨镜不得不前去南海。海上不比陆上，老胡组织了一个船队前去打捞，虽然成功打捞出来，但同行的多铃却中了降头术，只有内丹能救。陈教授曾听说民国时期湘西瓶山有内丹出现，这正巧了，陈瞎子就是当年的见证人。
《怒晴湘西》不是摸金校尉的故事，而是搬山卸岭三盗瓶山的故事。胡八一为了救多铃找到了陈瞎子，引发了这位卸岭魁首对当年三盗瓶山故事的回忆。回忆完之后，却没有胡八一想要的内丹。本来一切无望了，临走之时想要看看博物馆中陈瞎子当年盗出的丹炉，没想到遇到了“飞贼”。这个飞贼就是孙教授，他遗落下一本笔记，上面有观山太保和卦符、卦镜的记录。胡八一翻看日记后，发现去南海归墟寻得秦王照骨镜其实是卦镜，他们一伙是被孙教授骗了，为此前去质问孙教授，重新得到了孙教授无疑发现的龙符，那一刻老胡和胖子泪流满面。
倒斗有四大门派，发丘摸金、搬山卸岭，还有一个神秘的门派观山太保。孙教授是观山太保的后人，他们一族以灭地仙村为己任，这就是《巫峡棺山》的故事。孙教授自己无力毁灭地仙村，编造了一本假日记骗摸金校尉前去，胡八一为了寻找救多铃的内丹一同前去，经过重重磨难，终于用龙符毁灭了地仙封师古。最终的结果是胡八一明白被孙教授骗了，地仙村根本没有内丹，多铃也没被救。
故事到这里就结束了，自圆其说，一切顺其自然而又有逻辑。
