“三江并流”区域是反映地球演化主要阶段的杰出代表，丰富多样的地质遗迹、地貌景观和地质现象，向世人展示着这里所经历的极其复杂的地壳演变历史及正在进行着的地质作用。
“三江并流”地区内出露的晚古生代（距今4 亿年前）以来比较完整的古生物地层记录，反映了这里曾经是广阔的特提斯古海洋的组成部分；由超基性岩（如蛇绿岩、橄榄岩）、基性岩（如辉长岩、辉绿岩、枕状玄武岩、细碧岩等）与深海相沉积（如放射虫硅质岩）组成的蛇绿岩，反映出这里曾经是类似于现今大洋中脊附近洋壳的环境；类型多样、成分复杂的岩浆类岩石（包括火山岩类、浅成岩类、深成岩类）记录了这里各时期岩浆活动的规模和特点，反映了不同阶段的演化模式；区内的变质岩、混杂岩、构造岩与地层、岩石中的褶皱、断裂、节理、劈理等构造变形及不同地块间的深大断裂系统，反映出这里曾遭受的强烈挤压活动。洋壳的消亡、地层地压缩、地块的拼合、地壳的降升等地质历史过程，在地质学家对众多信息的解释中变得清晰起来：“三江并流”区域是特提斯大洋演化和消亡、印度板块与欧亚板块碰撞，两个大陆发生陆陆碰撞，造山运动致使喜马拉雅隆升、横断山脉形成的地质演化历史的典型代表区域和关键地段。
在地球演化历史中，海洋总是在地壳运动中开开闭闭，海洋的打开会促成洋壳两侧的陆地分离，海洋的闭合则驱动着两侧陆地的聚合。特提斯海洋就曾经历过不同的打开与闭合过程，留下了许多证明该过程的地层、岩石、化石和地壳形变的地质遗迹。特提斯海洋的闭合，最终驱动着印度板块冲向欧亚板块，使“ 三江并流” 区域从大洋深海环境演变成大洋岛弧、多岛洋盆环境，再演变成大陆环境、高原环境，两个大陆的强烈挤压，将这里的岩石挤碎、揉皱、变质，并引发大规模的岩浆活动。持续的碰撞活动，使这一地区大规模地抬升并产生强烈的构造变形，形成世界上压缩最紧、挤压最窄的巨型横断山复合造山带即世界上独有的“三江并流”奇观。
多样的、复杂的地质构造背景，为形成“三江并流”区内多种多样的地貌类型奠定了基础。高大的褶皱山系和断块活动，控制了地表动力地质作用、河流的侵蚀塑造、山岳冰川的刨蚀作用，刻凿出深邃的大峡谷、冰川谷地、冰蚀湖群、瀑布、角峰、鳍脊、峰丛、绝壁，创造出具有世界第一流美感的地质地貌景观区。“三江并流”典型的地貌景观有高山峡谷组成的“ 三江并流” 奇观、冰川遗迹及现代冰川地貌、高山丹霞地貌、花岗岩峰丛地貌、高山喀斯特地貌及高原、雪山、草甸、高山冰蚀湖泊群等等。
复杂多样的、特殊的地质演化历史、地质地貌和地理环境特征，控制了“ 三江并流” 区的原始生物种群来源和水热条件分布特征，进而控制了这里的生物演化过程、特征及演化模式，形成多样性的生物、生态景观。
“三江并流”多样的岩石类型、多样的地质构造、多样的地貌景观，为诠释特提斯海洋消亡、印度板块与欧亚板块碰撞机制和模型、陆内巨型复合造山带的形成、青藏高原演化隆升等重要的地球演化历史阶段和重要地质事件提供了典型遗迹，并展示着正在进行着的宏伟的各种动力地质作用和冰川地质作用等地形地貌塑造过程，是多种高山地貌景观类型和演化过程的杰出发展地区。这些珍贵、罕见的地质地貌景观和遗迹，是大自然留给人类的共同财富，具有十分重要的世界意义和保护价值。
这一区域在展现最后5 千万年和印度洋板块、欧亚板块碰撞相关联的地质历史、展现古地中海的闭合以及喜马拉雅山和西藏高原的隆起方面具有十分突出的价值。对于亚洲大陆地表的演变以及正在发生的变化而言，这些是主要的地质事件。这一区域内岩石类型的多样性记录了这一历史，而且，高山带的喀斯特地形、花岗岩巨型独石以及丹霞砂岩地貌覆盖了若干世界上最好的山脉类型。
三江并流区域中激动人心的生态过程是地质、气候和地形影响的共同结果。首先，该区域的位置处于地壳运动的活跃区之内，结果形成了各种各样的岩石基层，从火成岩到各种沉岩（包括石灰石、砂岩和砾岩）等不一而同。卓越的地貌范围：从峡谷到喀斯特地貌再到冰峰，这种大范围的地貌和该区域正好处于地壳构造板块的碰撞点有关。另外一个事实就是该区域是更新世时期的残遗种保护区并位于生物地理的会聚区（即：具有温和的气候和热带要素），为高度生物多样性的演变提供了良好的物理基础。除了地形多样性之外（具有6000 米几乎垂直的陡坡降），季风气候影响着该区域绝大部份，从而提供了另一个有利的生态促进因素，允许各类古北区的温带生物群落良好发展。
