云居寺之所以能成为世界级的佛教圣地，除了因为其藏有佛教三绝与千年古塔之外，还因为云居寺珍藏着令世人瞩目的佛祖舍利。
1981年11月27日在雷音洞发掘出赤色肉舍利两颗，这是世界上唯一珍藏在洞窟内而不是供奉在塔内的舍利，与中国北京八大处的佛牙、陕西西安法门寺的佛指，并称为"海内三宝"。
舍利是古印度梵文名称，汉文译作"设利罗"、"室利罗"、"舍利子"，通称"舍利"。 佛祖舍利是指佛陀火化后的遗物，其骨舍利，其色白；发舍利，其色黑；肉舍利，其色赤。《金光明经》卷四〈舍身品〉说："舍利者，是戒、定、慧之所熏修，甚难可得，最上福田。"及"是舍利者，即是无量六波罗蜜功德所重。"因为象徵著"遗教不灭"，并具有灵验性，佛陀舍利就成为佛门传世的圣物。
云居寺佛舍利为肉身舍利，即人体肌肉火化后形成的存留物质。
据印度佛经著作《阿育王传》内介绍，释迦牟尼佛祖一生传道几十年，直到81岁时圆寂。
公元前544年，佛祖释迦牟尼在拘湿那耶城的两颗菩提树下涅槃，火葬后，留下了84000颗舍利，当时印度境内的邦国如摩揭陀国、毗舍离国等八位国王将佛舍利平分八份，建塔安奉。
公元前273年，古印度阿育王（亦译无忧王）即位（前273~232）。阿育王用武力统一了战乱频仍、小国林立的古印度，除锡兰岛与印度半岛南端外，其余皆入版图，并包括阿富汗的一部分。
在统一战争中俘虏和战死了许多人，战争结束后，阿育王这位不可一世的帝王转而反战并狂热地崇佛，他四处立柱凿壁，镌刻崇佛反战的敕文，如在他的敕令中这样写道：
"15万人作为俘虏被带走，10万人被杀死，许多倍于这个数字的人死去。------为诸神所爱的羯陵伽的征服者，现感到很懊悔，感到深深地悲伤和悔恨，因为征服一个以前未被征服过的民族，包含着屠杀、死亡和放逐。------即使那些躲过灾难的人，也由于他们始终热爱的朋友、熟人、同伴和亲属所遭到的不幸而极度痛苦。因之，所有的人都承受着不幸，而这使国王的心情十分沉重。"
史载：年迈的羯陵伽国国王被捕后宁死不屈，在囚禁中自尽身亡。这件事给了血气方刚、沉浸在胜利的喜悦中的阿育王以心灵震撼，使他明白武力只能征服国土，并不能收服人心的道理，而且他在即位第四年就已皈依佛教并受灌顶之礼。遂以幡然醒悟的姿态下令休兵，并颁布诏令，表示忏悔。他宣布佛教为国教，前往王舍城取出阿阇世王所藏八万四千舍利，造八万四千琉璃宝箧盛之，并造八万四千宝函、以八万四千匹彩为之庄严，使诸鬼神于世界各地同时筑起八万四千座宝塔，相传华夏之中有五，扶风为其中之一。
约在公元前253年在华氏城主持佛教史上第三次结集，编纂经、律、论三藏经典，统一认识，解决教派争端，为佛教的发展立下不世之功，被佛教徒尊为"护法之王"。
阿育王最值得称道的弘法之举是传法的跨国行动，他曾派大批佛教传教师到印度各地以及印度周边国家传教。阿育王时代佛教已自恒河流域向周边扩散，传播到印度各地及南亚、东南亚诸国。不仅如此，据阿育王时期碑文《摩崖法敕》记载，传教师的足迹已到中亚、南欧及北非。
当时除了阿育王向周边国家赠送舍利之外，还有很多印度高僧到中国传教时携带了佛舍利，以及后来我国僧人西去印度取经返回携带的佛舍利，如晋代的高僧法显，唐代的高僧玄奘。
在东晋时代，我国境内一共有19座塔供奉佛舍利，在很多佛经中曾有过相关记载。由于1500多年的朝代更替，至新中国成立前只留下西晋会稽鄮（mao）县塔，即今浙江省鄞县鄮山阿育王寺。
佛祖舍利何以到达了云居寺？
据记载:隋文帝杨坚笃信佛学，大力弘扬佛法，在全国各地建造了很多寺院和佛塔。另据《广弘明集》记载，在隋文帝即位之前，曾有一位印度沙门来到他家，送给他一包舍利，请他供奉。但从时间上和可能性上分析，阿育王赠送的可能性最大。
隋文帝于仁寿元年(601年)、仁寿二年(602年)、仁寿四年(604年)三次向全国各州颁发佛舍利，地处幽州的弘业寺和智泉寺皆有幸得到。而这两寺都距云居寺不很远。同时，云居寺创始人静琬法师原本是智泉寺僧人，所以很可能当时皇帝也赐给了云居寺佛舍利。
其后的隋炀帝杨广也十分崇信佛教，在他的影响下，全国自上而下均十分推崇佛教。据隋《范阳图经》记载，智泉寺僧静琬组织僧众在房山石经山上篆刻石经，隋炀帝得知后，就将皇宫内珍藏的三颗佛舍利赐予静琬，作为褒奖。
静琬得到佛舍利之后，用长宽各30厘米，通高24厘米的青石函保存，石函上刻36个楷书铭文：大隋大业十二年岁次丙子四月丁已朔八日甲子于此函内安置佛舍利三粒愿主持永劫。
大业十二年就是公元616年，距今已经有近1400年，这是云居寺佛舍利最直接、最早的文字记载，也是确认佛舍利最重要的根据。
佛舍利原在云居寺南塔供奉，后静琬法师觉得树大招风，就秘密转移到了一个安全的地方，直至大师仙逝，也没告诉任何人，后人更加找不到佛舍利。静琬大师将其埋在了石经山据山顶十几米的雷音洞的弥勒佛像背后的石板底下。
在铭文中提到"安置佛舍利三粒"，为何现存只有2颗？
据明代高僧释德清撰写的《涿州西石经山雷音窟舍利记》中记载，明万历二十年(公元1592年)，当时的达观可禅师在清理雷音洞时，无意间发现了隋朝埋藏的石函。
当时万历皇帝的母亲笃信佛教，万历皇帝的母亲就是修造玲珑塔的李太后，据说她当时正好在云居寺内，佛宝出世，轰动朝野。当时万历皇帝的母亲慈圣太后下旨将三颗舍利迎入皇宫供养三日。
几经寺中僧人催要，过了两个多月才归还，宝函归还后，达观可禅师发现石函内的舍利被2个羊脂玉函封藏，数量少了一颗，却多了两颗珍珠。
由于明末时局动荡，达观可禅师将佛舍利再次埋藏在雷音洞内，同时采用了5层石函。在最外层的汉白玉石函函盖内，达观可禅师篆刻了一则愿偈：我感佛恩故，愿护佛舍利，若所藏所出，必经我心目，若违我本誓，更无藏出者，仰求圣凡等，共证我愿力，是力若不坚，当坠无间狱。
从这则愿偈来看，说明出土时肯定是三颗，但入宫之后发生了变故，但禅师当时无法说明情况，只能用愿偈来表示清白。
但是记载中的三粒佛舍利，现存只有两粒，据专家推断，其中一粒可能在明代万历皇帝母亲迎人宫内供养时不慎遗失或是被私自留下，云居寺佛舍利从此只剩下2颗，保存于世。
此后历经明末农民起义，清朝入关，民国建立，抗战爆发，数百年间这个秘密始终无人发现，至1942年日军轰炸房山，云居寺毁于一旦，仅存北塔和山门，佛舍利的存在更是无从考证，直至389年后，佛舍利再次出现。
1981年11月，在社科院宗教研究所攻读研究生的罗炤为撰写毕业论文，在云居寺遗址进行科考。在反复比对"施茶亭"的石碑和日本的相关考古记载后，提出了一个大胆设想，石经山可能真的存在佛舍利。
为此，他找到了当时房山县文物管理所所长沈书权，在沈书权许可及帮助下，于11月27日在雷音洞开始发掘，发现了一个半米见方的汉白玉石函，内存石函、银函、玉函等，均以函函相套的方式加以密封。
一号白玉石函，函盖上刻有172个字，函内还刻有83字铭文。这些文字记述了明代万历二十年(1592年)间，在石经山首次发现隋代所藏佛舍利情况。
二号青石函，较上函略小;函盖上刻有"大隋大业十二年岁次丙子四月十已朔八日甲子於此函内安置佛舍利三粒原住持永劫"36字铭文。说明佛舍利在这里已珍藏l300年之久。
三号汉白玉石函，有楔状抽斗盖，上有"佛舍利"以及上下款共26字。
四号镀金银函，四周有青龙、白虎、朱雀、玄武四种刻线图案，盖上有花卉图案，内有木质彩绘香珠一颗、珍珠11颗。
五号白玉函十分精巧，长宽各12厘米，高17厘米，里面放有两粒赤色小米粒大小的佛舍利，旁边还伴有两颗珍珠。
至此，佛祖舍利重见天日！
牛恒刚：2012年11月14日于北京
