黑龙江公别拉河自然保护区位于黑龙江省黑河市西南部，地处黑龙江一级支流公别拉河的上游，距黑河市70km，地理坐标为北纬50°00′46″～50°14′14″，东经126°23′49″～126°50′22″，保护区包括727林场的兴安营林区、望江营林区和大平林场的母子沟营林区与冷川营林区等四个营林区的大部分，东西长31.6km，南北宽25.0km，面积为47983hm2。
黑龙江公别拉河自然保护区位于小兴安岭东麓北端，其地形地貌组合为波状丘陵－河床阶地－河谷漫滩或波状丘陵－山麓平坂组合，成因上，前者以剥蚀洪积为主，后者以剥蚀堆积为主。
黑龙江公别拉河自然保护区位于黑龙江省黑河市的西南部，地处小兴安岭与大兴安岭的接合部，属寒温带湿润季风气候区。全年气候的特点是：冬季漫长，低温寒冷；春秋短暂，干燥多风；夏季多雨，气候凉爽；无霜期短，昼夜温差大；年平均气温-1.5℃，极端最高气温34.5℃，极端最低气温-44.5℃，年平均降水量527.6mm，多集中在6～9月；大风、暴雨、霜冻等灾害性天气比较多。
黑龙江公别拉河自然保护区位于小兴安岭东麓北端，与周边地区或同纬度地区相比，水资源相对丰富，多年平均降水量550～600mm，主要集中在6～9月。
本区地下水属小兴安岭东麓低山丘陵水文地质区。其水文地质特征是：基岩裂隙水及第四纪松散物中的潜水都相当发育；地下水主要补给来源以大气降水为主，由于地形平缓，地下水补给较充足。
