与大戏楼一河之隔的旗山书院。书院大门悬挂的匾额“旗山书院”四个大字，为我国著名书法家李慧老师所书。
书院其实就是今天的学校，从宋、元、明、清逐步发展演变，书院成了今天的学校。所不同的是过去的讲席、教谕、先生，改变称呼为今天的老师。
瓮安人民历来重视教育，早在明、清季，就设有“旗山书院”。民国《瓮安县志》载：“今日学堂即昔日书院。瓮邑旧有旗山书院……”。清季傅玉书《桑子述闻》载：“旗山书院在县西北。知县韩公瑛、教谕金公晦、训导吴公天椿，倡绅士捐资，于文昌阁前旧址建讲堂三间，肄业房六间、大门一座。今圮，以明伦堂及学庙廊庑为讲业地。”
为什么叫“旗山书院”呢？旗山是瓮安县境较有名气的一座山峰，因其形状酷似一面旗帜而得名。傅玉书先生的《桑子述闻》记载：“旗山，一名穿岩，在城东南五里许，山顶有洞。”
旗山书院颇为文气，早在明代，诗人朱应征《旗山》诗“护郭斜开碧嶂奇、登楼共指状元旗，春风披拂青如许，正是文坛树帜时”。
旗山书院建筑仍然属于徽派建筑，只不过是明清时期大户人家的祠堂规制，后捐作书院供地方讲学用。旗山书院进深：58.3米，面阔：32.4米，占地面积：1888.92平方米。高：12.2米；书院大门：高：4.1米，宽：4.6米；书院天井：前：长：15.3米，宽：15.3米；后：长：11.3米，宽：15.3米；书院讲台长：10.6米，宽：11.05米。
旗山书院大门为“五凤楼”形式，门梁称为“弯梁”、上雕刻“琴棋书画”木雕图案。在“弯梁”上方，雕刻的是“太师赏画”的故事。
在旗山书院内的中堂上，也有一个0，因为建造者供奉一尊菩萨像，这个菩萨叫“文曲星”，所以我们姑且称它为“文曲星”阁。
旗山书院内展陈了以反映瓮安县所具有的悠久历史文化，全面展现中华文脉的源远流长和传承延伸。以“礼堂”、“讲堂”、“学堂”、“蕴堂”、“示堂”五大文化殿堂进行规划布置。做足了“文”气，有源有据，可看可靠。与古人对话，与文化互动。
