因殿中有马蹄印而得名。石窟进深10米,宽10米,高3米,中心柱前上下开龛有两排座佛像,上龛中有三世佛。即:过去佛燃灯佛、现在佛释迦牟尼佛,未来佛弥勒佛。下龛塑有三尊头戴桃形“班霞”金光灿灿的佛像。中间一尊是藏传佛教格鲁教派的创始人宗喀巴塑像,左边是大弟子贾操杰,右边是二弟子克珠杰,这三尊一级的塑像被格鲁派人尊称为“杰亚赛松”,意为父子三尊,极受藏传佛教的尊崇。中心柱回廊四周,边墙供台上塑有藏传佛教十六尊者,四大天王众佛像。殿中的石地上有一马蹄印迹,清晰可见,象真的马蹄印,但又大于一般的马蹄迹。马蹄印的形成有不同的说法,一种说是神马蹄迹,有次法显路过到临松峡谷马蹄寺,一天下午,半天彩霞,忽见一匹神马从北向东飞来,到寺院上空徘徊多次,被这神奇的地方吸引住,便落到一块青石上,莅临这佛教圣地,后来在青石上留下一个马蹄迹,这就是神马蹄迹的说法;也有说是格萨尔座骑的蹄迹,格萨尔王从《霍岭大战》凯旋归来,在千佛洞前的长头滩安营扎寨,犒赏三军将士,乘座骑前去检阅大军,战马一见到猎猎军旗,气壮山河的威武大军,抑制不住其烈性,奋蹄疾驰,格萨尔忽然紧勒马爵钗,战马因用过过猛,一只前蹄踏在一块青石上,才站稳身子,便留下了马蹄印。马蹄殿门口下方的石崖上至今还留有不少格萨尔系马的小石孔,五十年代,这些石孔前还有一个格萨尔喂马的马槽,还有拴马的1米多高的铁橛,但你见到这些情景,不得不相信马蹄殿中的“神骥足”就是格萨尔的马蹄印。