南澳岛上,寺庙可不少。就明朝陈天资《东里志》等史书记载而言,最早佛门就是创自宋朝的云盖寺(原称三宝寺,明重修时易名)。它已于1992年8月15日由县政府公布为第二批文物保护单位。自1985年起历经16载,由住持释通教尼师艰苦备尝,募资重建扩大,于2001年10月5日落成开光。
明万历二年(1574)陈天资《东里志·疆域志》载曰:“云盖寺在南澳之东南,宋时所建,石上有‘紫云华盖’四字”。明朝时,因云盖寺遐迩闻名,故也成为寺下数村地域总称,后才简称为“云澳”至今。
古刹不知几经浮沉,明季海盗交汇,寺遂荡然,后重建。相传最盛时有梯式而上堂宇9座,因僧不道受剿,拆存后座观音院(即今址)。十年“文革”中的1966年冬,“革命造反派”上山闯寺剿毁文物,连香案也扛走,并驱逐尼师,令古刹一片凄凉。4斤重的鉎质僧盂等皆丢失。
1976年,“文革”乱歇。1980年起尼师归寺。1985年志,幸得香港定因法师、新加坡惟泽、惟坚尼师等首先资助,不断修葺、重建、扩大古刹。
2000年新创山门,进入前门楼,右边向海高墙上中间,屹立着一座重建一新的妙香亭,夏日花开,清风徐来,着人神爽。闲坐其中,窥望窗外,则见官屿浮于天上,宋井所在海滩林涛青翠,引为奇观。与亭隔一空埕的大殿,是全寺之中心,人们往往以为它是“大雄宝殿”,但大殿内佛龛,主奉的不是释迦牟尼佛,却是观音,十分特殊,相传这是缘于古刹原9座堂宇被拆存这观音院之故,它于1999年农历五月十七日动工重建,十二月竣工。重建一新的云盖寺,坐东北向西南,建筑面积约700平方米的千年古刹。
大殿两厢,新筑房舍,东者为楼,西者平房。有后门楼(与前门楼相对),路通山峦,别有天地,近有嶙峋石岩,下涌泉不息,古树遮掩。