旃檀林位于九华山街西南.清康熙年间(1662-1722年)为化城寺七十二寮房之一.光绪十二年释定慧募化重建。1912年，住持僧福星扩建，居士易国斡赠额“福慧双修”。住持僧镇安扩建殿宇，安单接众。1928-1949年莲禅、渡海、长升、蕴净、性朗先后任持。1958-1977年为九华山佛教大队驻地。1982年重修。1978-1985年为九华山佛教协会驻地。全寺建筑面积2849平方米，是国务院确定的汉族地区佛教全国重点寺院。
旃檀林全寺由四座厅堂式居室和宫殿式大雄宝殿组合而成。东为僧房和寮房，敞厅堂，三层楼阁，有内落水小天井。西为云水堂，敞厅四开间，二层楼，小天井。僧房和云水堂之间为前厅，内有板壁隔成弥勒殿韦驮殿，进深20.5米，殿两侧是两层楼阁，韦驮殿前二个小雕像，一个是济颠和尚，一手拿着薄如纸的小酒盅，另一手摇着破芭蕉儿，笑盈盈，喜哈哈，手舞足蹈，似酒醉归来，逍遥自在。另一个是疯僧，赤足，手挥佛尘，左肋下夹着一把扫帚。据说，这是南宋风波和尚，他疾恶如仇，痛恨害死岳飞的奸臣秦桧，一心想扫灭秦贼，拿着扫把，只要是人群集聚之地，即使很清洁，他也挥动扫帚地，说是“扫秦”（意扫清），激发人们共同除奸，韦驮殿里，韦驮身着铠甲，手扶金刚杵，面对大雄宝殿佛像而立。
弥勒殿里供的阿弥陀佛，加上在边的观世音菩萨，右边的大势至菩萨，合称为“西方三圣”。
从韦驮殿向左，进门又是一幢楼阁，楼上佛堂宽敞，楼下厅堂高大，古色古香。厅前天井狭长，左右为库房、僧寮。由韦驮殿向右，进角门穿过楼间小巷，是又一组楼堂。楼下三间敞厅，屏风后和左右两端有十间客房，楼上佛堂周围有十余间客房，三楼也是接待香客的住房。楼前天井，上有巨幅《墨龙行云图》，左右上方还有《芦雁秋景》、《秋菊傲霜》和春蘭、冬梅等小品图画。古雅清幽，可供观赏。
在两厢楼住间，有《西游记》小说人物唐僧率孙悟空、猪悟能、沙悟净西天取经的雕像，四人风尘仆仆，远道而来，各自伫立于廊下一角，好像等待寺中住持和尚出来迎迓款待，十分有趣。
穿过一石板铺地、洁净如洗的长方形天井，就可到达大雄宝殿。大雄宝殿高18米，宽11.5米，深15.5米。仰观大殿，铁黑色葫芦矗立在正脊中间，鱼龙尾翘在两边。重叠的飞檐，条条鱼龙飞来，装点得八角殿更加壮观。重檐间、绘着青狮彩凤。四周廊柱上，雕有“八仙”人物像：跛足蹒跚的铁拐李，腰间葫芦摇晃；风度翩翩的吕洞宾，潇洒自如，春风满面；袒胸露腹的汉钟离，须髯飘洒，手摇宝扇；倒骑毛驴的张果老，手凿渔鼓，欲唱一曲“道情”；身穿官服的曹国舅也赶来檀板轻敲。还有仙人刘海，喜盈盈地在戏弄金蟾。这些是道家神仙移来做佛家护法，为佛教建筑上的别制，殿前廊下左右悬挂古钟，钟重千斤以上，鎏金大字闪烁有光。廊下和佛幡前有黑底金字楹联和泥金雕花楹联。第一联：“山中作伴莫负煙霞，林下相逢只谈因果”。另一联：“把臂入林可复有太白联吟阳明打坐，现身说法恍然悟新罗月满南海波澄”。说的是李白游九华，吟诗联句；王阳明上九华，在东崖晏坐，所说“新罗”即金地藏，相传农历七月十五日是其生日，正值月满。“南海”指观音，普陀山为“南海观音道场”，与九华山齐名，都谓之“菩萨道场”。昔日佛教徒由于交通等条件限制，海外和内地朝山拜佛的善男信女到九华、普陀山的居多。楹联作者兼顾了佛教和旅游，文字简洁、雅俗共赏。佛像座前一联曰：“奉双亲参礼九华，喜今日旃檀林中便已是极乐世界；愿一心长持半偈，想当年菩提树下用何等刻苦功夫”。这联出自在家信佛的居士之手，以示其虔诚。
殿堂正中供奉着释迦牟尼佛像，两旁侍立的是阿难、迦叶，两侧是观音、地藏等。观音像两侧有“金童”、“玉女”，地藏像两边有闵公、道明侍立。大殿两侧依墙而塑的十八罗汉，与祗园寺的十八罗汉各有千秋，自台基上至殿梁间，塑的是大海波涛，十八罗汉或立、或坐、或昏睡、或惊异。各显神通，在惊涛骇浪里稳如泰山。鳌、鱼、龙、鳖、虾、蟹、蚌之类水族都在他们脚下，为其效劳。水面上还有一双空荡荡的“法舟”，最高处还有介龛、宝塔，仿佛是海上奇观。大殿中的佛像均用生漆夹苧法制成。一枝花茎能擎二、三丈的塑像。佛像制作工序较为复，预先雕刻好能分能合的木质佛像模型，拼合成一整体，外缠苧麻布，涂上生漆、铁砂调和的涂料，如此重复九至十三次。雏型制成后，将模型一块一块抽出来，然后刮净磨光，贴上赤金制成的“金箔”，金光闪闪的佛像就制成了，它具有防潮、防腐、防蚁蚀等优点，適宜于雨水多、云雾浓、湿度大的江南山区。九华佛寺中，这种造像较多。
大殿两侧是花厅，两层楼，有花园，名“山中天”。墙下依地势砌成花圃，种花植草。旁有山泉一眼，用石条砌成一方池，清澈见底，晶莹如镜。院落窄长，因花厅前檐高三丈，走廊宽六尺多，长五丈多，扩大了空间，所以视野开阔，是名副其实的“山中天”。花厅五间，中间二开间为敞厅，两端和屏风后有房间，与二楼、三楼共有16间卧室，为接待贵宾下榻之处。敞厅装有玻璃隔扇，雕刻着各种神话故事，闲坐厅堂，便可欣赏神光岭，芙蓉峰上万木苍翠，白云袅袅，群鸟飞翔的景色，悦目清心，实为福地洞天。
旃檀林历史上最重大的重修有三次，第一次是1886年定禅法师重修大雄宝殿；第二次是1992年重建大悲殿；第三次是1998年新建大愿宝殿。该寺传承法系为临济宗。
